Il Museo, istituito il 6 Febbraio 1983 dal Vescovo Aldo Garzia, è allestito nell'elegante palazzo settecentesco dell'ex Seminario vescovile di Gallipoli, costruito tra il 1751 e il 1759 dal Vescovo Serafino Brancone e integralmente restaurato tra il 1999 e il 2004. Il complesso museale occupa una superficie di circa 900 metri quadri distribuiti su tre piani con quindici sale espositive.